Nel 1937 cominciarono ad essere tagliate le prime linee tranviarie: la linea che serviva la stazione ferroviaria fu chiusa per consentire i lavori di costruzione della stazione marittima, la riedificazione della stessa stazione centrale e la risistemazione della piazza antistante che venne ridisegnata così com'è attualmente;
l'altra linea che venne tagliata lo stesso anno fu la p.za Cairoli-XX Settembre a causa dello scarso traffico che la caratterizzava.
Un anno dopo, nel 1938, venne chiusa la linea che da piazza Unità d'Italia portava a Ritiro attraverso via Palermo: con la chiusura di questa linea il servizio tranviario a Messina fu ridotto all'asse sud-nord da Giampilieri a Torre Faro lungo il quale continuarono ad essere esercitate le linee n°7 Provinciale-Museo, la n°8 Provinciale-Torre Faro e la n°9 Provinciale-Giampilieri.
La rete tranviaria di Messina mantenne tale configurazione per circa dieci anni resistendo anche ai bombardamenti americani del 1943.
Tali bombardamenti provocarono danni in centro e lungo la riviera nord che furono riparati con celerità e già agli inizi del 1944 i tram tornavano a prestare servizio sulle linee 7 e 9. Nel 1945 fu ripristinato il servizio tranviario per Torre Faro sulla linea 8.
Questa stessa linea fu però soppressa nel 1949 e il servizio tranviario fu limitato al Museo. I tram continuarono a circolare per altri due anni sulla linea per Giampilieri e sulla Provinciale-Museo, il servizio tranviario fu infatti soppresso il 31 Dicembre 1951.